Точные причины возникновения гипоспадии неизвестны, но, в любом случае, родители в этом не виноваты.
Обычно гипоспадия встречается в единичных случаях, и наличие этого заболевания у одного ребенка в семье не означает, что шансы второго ребенка родиться с этим же диагнозом возрастают. Однако в некоторых семьях существует генетическая предрасположенность к этой болезни, когда гипоспадия также наблюдается у отца, дяди или дедушки.
В таких семьях существует вероятность, что это заболевание может обнаружиться более чем у одного ребенка.